Долго искал где же находится файловая система подсистемы Linux на Win10… Долгая гуглежка не дала нормальных результатов. Однако наткнтулся на скромный комментарий.
Итак варианты расположения корня в «десятке»:
— %USERPROFILE%\AppData\Local\Packages\CanonicalGroupLimited.Ubuntu16.04onWindows_<random_string>\LocalState\rootfs\
— %USERPROFILE%\AppData\Local\lxss\
То что мне довелось найти, у меня сработал первый вариант.